ggplot2 内で、モデル式やR2 といった累乗の記号、ギリシャ文字を書きたいことが多々あると思います。その場合は、expression 関数の例が多いと思うのですが(ggplot2でギリシャ文字や数式を表示したい - Qiita)、markdown や、文字コードを使っても色々かけ…

Windows、R 4.2.3、Rtools42の環境下では以下のページに従えばうまくいった。 discourse.mc-stan.org remove.packages(c("StanHeaders", "rstan")) install.packages("StanHeaders", repos = c("https://mc-stan.org/r-packages/", getOption("repos"))) ins…

仕事の上でVisual studio codeをみんな使っていたので、自分も使ってみました。 しかし、テーマカラーの色で気に入ったものがなかったため、自分で作ってみました。作ったからには人に見せたいと思ったので、テーマを置いてあるGithubのリンクを張っておきま…

とても便利なのに、日本語サイトで見ないのでメモを兼ねて書きます。よく ggplot2 を使っていると、geom_point と geom_bar で、違うcolor_scale を指定したいことがあると思います。また、色の指定の際に、連続値(continuous scale) と離散値（discrete sca…

研究室内で、「分類群ごとの積み上げグラフをどうやって作るか」という質問があったので簡単な作り方の例を紹介します。（こういうやつ↓） Networks Depicting the Fine-Scale Co-Occurrences of Fungi in Soil Horizons | PLOS ONE用意するファイルは以下の…

色々な処理区があり、各処理区の群集を特徴付ける指標がたくさん得られてきた。 そして、その処理区ごとの各指標の平均値の違いは、処理区ごとに説明できるのかを統計的に示す時に、分散分析を行うと思います。Rプログラムの中では、anova 関数や aov 関数が…

自分が忘れてたので、使い方と感動を忘れないために。たまたまggplot2 のバージョンが更新されたのを見て、何が変わったのか見てみたら、すごく感動する仕様になっていた。その一つが、軸ラベルの重なりを防ぐ方法である。www.tidyverse.orgTest data を作成…

微生物分野ではよく使われるようになってきた、ASVによるクラスタリングをしてくれるDADA2。一般的に、いわゆる次世代シーケンサーを用いた Amplicon sequencing によって得られたデータは、得られた塩基配列情報を 95 ~ 98 % 類似していたら、同じ種であろ…

最近までRprofileの使い方がわかりませんでした。 しかし、研究室の後輩がさらっと、Rprofileを使って警告を出ないように設定していると聞いて、なんやてとなったので、調べてみました。めちゃくちゃ簡単だし、下記のサイトたちにまとめてありますね。 OSに…

Q : = の両隣にスペースが入っていないのに command not found とエラーが出る時 A : 改行コードがおかしい可能性が... for 関数を使って、スパコンに投げるための job スクリプトを作っている時 to="${input}" dir="`echo $input | cut -b 1-7 | uniq`"この…

某大学で生態学を研究している博士後期課程のものです。 修士で研究室を移ってから、まじめに研究を始めて、いろいろな人に教わったり、逆に教える機会も増えてきました。その過程で、科学において知識の共有はやっぱり大事だなと感じてきたので、ブログでは…