微生物屋のノート

プログラミング・解析関連についてのノートです。

= の両隣にスペースが入っていないのに command not found とエラーが出る時

Q : = の両隣にスペースが入っていないのに command not found とエラーが出る時
A : 改行コードがおかしい可能性が...


for 関数を使って、スパコンに投げるための job スクリプトを作っている時

to="${input}"
dir="`echo $input | cut -b 1-7 | uniq`"

この部分が、

line 13: to=variable-001_scaffold.fasta: command not found

と、何か間違っているよと散々言われました。

「command not found」で、調べてみると大抵の場合が = の両隣にスペースがあるらしい。
しかし、自分の場合はない...。

どうにかこうにか試していくうちに

cat -A script.qsub # job スクリプト作成bash ファイル

で原因が判明。

toM-oM-<M-^]MTS-001_scaffolds_m2500.fasta$
dirM-oM-<M-^]"MTS-001"$

どうやら、スクリプトファイルの=が変なものに化けていたようでした。
改行コードもチェックしたが問題なさそうだったので、この行を打つときにカナ変換か何かされていたのかと予想。

ちゃんと一から手で打ち込んだら、M-oM-<M-^]... が「=」に直ってくれました...。