微生物屋のノート

プログラミング・解析関連についてのノートです。

ggplot2

ggplot の書式、特殊文字

ggplot2 内で、モデル式やR2 といった累乗の記号、ギリシャ文字を書きたいことが多々あると思います。その場合は、expression 関数の例が多いと思うのですが(ggplot2でギリシャ文字や数式を表示したい - Qiita)、markdown や、文字コードを使っても色々かけ…

ggplot2 で追加のscale_color / scale_fillを指定する方法

とても便利なのに、日本語サイトで見ないのでメモを兼ねて書きます。よく ggplot2 を使っていると、geom_point と geom_bar で、違うcolor_scale を指定したいことがあると思います。また、色の指定の際に、連続値(continuous scale) と離散値(discrete sca…

よくある分類群ごとの積み上げグラフ(バープロット)の作り方の例

研究室内で、「分類群ごとの積み上げグラフをどうやって作るか」という質問があったので簡単な作り方の例を紹介します。(こういうやつ↓) Networks Depicting the Fine-Scale Co-Occurrences of Fungi in Soil Horizons | PLOS ONE用意するファイルは以下の…

ggplot2 で、軸ラベルの重なりを防ぐ方法

自分が忘れてたので、使い方と感動を忘れないために。たまたまggplot2 のバージョンが更新されたのを見て、何が変わったのか見てみたら、すごく感動する仕様になっていた。その一つが、軸ラベルの重なりを防ぐ方法である。www.tidyverse.orgTest data を作成…